在历次重大传染性疾病医疗救治应急任务中，山东省公共卫生临床中心前身均是山东省、济南市的定点医疗机构，在2003年抗击SARS、2005年防治禽流感、2009年防治甲型H1N1流感、防治H7N9禽流感、2010年发热伴血小板减少综合征病原学确定以及后来的MERS重症患者抢救等工作中，出色地完成了党和政府交办的防控救治任务。在抗击新冠肺炎疫情中，作为全省和济南市新冠肺炎疫情防控工作医疗救治定点医院，中心勇挑重担、冲锋在前，为维护广大人民生命健康做出了突出贡献，获中共中央、国务院、中央军委授予的“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”和“全国先进基层党组织”双项荣誉。中心文明创建工作成效显著，在全体干部职工辛勤付出和努力下，被命名为第六届“全国文明单位”。